Ketika merampok peternakan merpati Berk, Mr. Fox (George Clooney) dan istrinya, Felicity (Meryl Streep), mengenai jebakan rubah sehingga mereka terkurung. Felicity memberitahu Fox bahwa ia hamil dan memohon kepadanya untuk menemukan pekerjaan yang lebih aman jika mereka melarikan diri. Fox terpaksa menyetujuinya.
Dua tahun kemudian, keluarga Fox dan putranya yang cemberut, Ash (Jason Schwartzman), tinggal di sebuah lubang. Fox, yang sekarang bekerja sebagai kolumnis surat kabar, pindah bersama keluarganya ke rumah yang lebih baik di bawah pohon, mengabaikan peringatan pengacaranya, Clive Badger (Bill Murray), tentang bahayanya daerah itu untuk rubah. Pohon ini terletak sangat dekat dengan peternakan yang dijalankan oleh tiga petani, yaitu Walter Boggis (Robin Hurlstone), Nathan Bunce (Hugo Guinness) dan Franklin Bean (Michael Gambon).
Segera setelah keluarga Fox pindah, keponakan Felicity, Kristofferson Silverfox (Eric Chase Anderson), tinggal bersama mereka, karena ayahnya yang jatuh sakit akibat pneumonia. Ash tak tahan dengan situasi ini karena sepupunya, yang hanya berbicara lembut, tampaknya lebih dominan darinya dalam semua hal dan semua orang, termasuk orang tuanya dan teman wanita Ash, Agnes (Juman Malouf), terpesona oleh Kristofferson yang menjadi beban Ash. Rindu dengan kebiasaannya sebagai pencuri, Fox dan temannya, Kylie Opossum (Wallace Wolodarsky), mencuri hasil panen dan unggas dari tiga peternakan tersebut.
Marah, para petani memutuskan untuk membunuh Fox. Mereka berkemah di dekat rumahnya. Ketika Fox muncul, para petani melepaskan tembakan, tetapi mereka hanya menembak ekornya. Mereka kemudian mencoba menggali untuk menemukan Fox. Setelah menghancurkan lokasi pohon tersebut, para petani menemukan keluarga Fox telah menggali terowongan untuk melarikan diri. Dengan alasan bahwa keluarga Fox nantinya akan muncul untuk makanan dan minuman, para petani menunggu di pintu keluar terowongan. Di bawah tanah, Felicity marah karena Fox kembali mencuri. Kelompok ini kemudian bertemu dengan Clive dan seluruh penduduk hewan lokal lainnya, yang rumahnya juga telah dihancurkan oleh para petani. Ketika hewan mulai takut kelaparan, Fox mengajak mereka dalam ekspedisi menggali ke terowongan ke tiga peternakan, merampasnya bersih.
Ketika para hewan berpesta, Ash dan Kristofferson berdamai setelah Kristofferson membela Ash dari seorang pengganggu. Mereka berdua kembali ke peternakan Franklin, berniat untuk merebut kembali ekor Fox. Ketika mereka terhalang oleh kedatangan istri Franklin (Helen McCrory), Ash kabur, tetapi Kristofferson tertangkap. Mengetahui bahwa Fox telah mencuri hasil panen mereka, para petani membanjiri seluruh terowongan hewan dengan jus buah.
Banjir tersebut memaksa para hewan masuk ke selokan, menjebak mereka. Fox mengetahui bahwa para petani berencana menggunakan Kristofferson untuk memancingnya ke dalam penyergapan dan menuju ke permukaan untuk menyerah, menuju ke kematiannya. Para hewan tersebut berhadapan dengan Rat (Willem Dafoe), penjaga keamanan Franklin, yang menyerang Ash dan Felicity. Mendengar teriakan putranya, Fox kembali dan berkelahi dengan Rat di sebuah ruangan listrik hingga Fox mendorongnya ke generator listrik dan menyetrumnya. Sebelum meninggal, Rat memberitahu lokasi Kristofferson. Fox meminta para petani untuk mengadakan pertemuan di kota dekat pusat selokan di mana ia akan menyerah dengan imbalan kebebasan Kristofferson. Para petani memasang penyergapan, tetapi Fox dan para hewan lainnya mengantisipasi dan melakukan serangan balasan.
Fox, Ash dan Kylie masuk ke peternakan Franklin. Ash membebaskan Kristofferson dan menantang tembakan musuh untuk melepaskan seekor anjing beagle jantan bernama Spitz untuk menjaga agar para petani tetap berada di teluk. Para hewan menjadi terbiasa tinggal di selokan ketika hewan lainnya mempertimbangkan untuk pindah. Ash dan Kristofferson menyelesaikan perbedaan mereka dan menjadi teman baik. Fox memimpin keluarganya, Kylie dan Agnes membuka celah yang dibangun di lantai supermarket milik ketiga petani tersebut.
Merayakan sumber makanan baru mereka yang berlimpah dan kabar bahwa Felicity hamil lagi, para hewan berpesta dan menari.
